Suomen jokaisessa teurastamossa toimii tällä hetkellä Ruokaviraston tarkastuseläinlääkäreitä, jotka varmistavat, että kauppoihin ja ravintoloihin päätyvät liha ja lihatuotteet ovat turvallisia ja hygieenisiä. Tarkastuseläinlääkäreiden ja heidän kanssa työskentelevien lihantarkastajien työtä ohjaa viime kädessä sekä EU-lainsäädäntö, että kansallinen lainsäädäntö. Keskeisimmässä osassa ovat eläimistä saatavien elintarvikkeiden valvonta-asetus (EY N:o 854/2004) ja lihantarkastusasetus (MMMa 1470/2011). Lisäksi asioita ohjaavat eläimistä saatavien elintarvikkeiden hygienia-asetus (EY N:o 853/2004), laitosasetus (MMMa 1369/2011) ja alkutuotantoasetus (MMMa 1368/2011).
Atrian Nurmon sikateurastamossa toimii tällä hetkellä Ruokaviraston henkilökuntaa n. 20 henkilöä. Vakituisia tarkastuseläinlääkäreitä on 6 henkilöä, joista 1 toimii johtava tarkastuseläinlääkärinä. Lihantarkastajia on yhteensä 7 henkeä vuoroa kohti, eli yhteensä 14 henkilöä. Aamuvuorossa tarkastuseläinlääkäreitä on parhaimmillaan 4 samaan aikaan töissä, koska heidän työhönsä kuuluu lihantarkastuksen lisäksi myös runsaasti laitoksen hygienia- ja vientivalvontaa muiden töiden ohessa.
Itse lihantarkastuksen voi karkeasti jakaa neljään osaan: Ketjuinformaation tarkastus, ante mortem -tarkastus, post mortem -tarkastus ja lakisääteinen näytteenotto.
Ensimmäisenä, jo ennen kuin siat ovat edes saapuneet teurastamoon, tarkistetaan tuottajan antamat elintarvikeketjutiedot (eli ketjuinformaatiotiedot) kyseisestä erästä. Erästä saadut tiedot pitää myös pystyä aukottomasti yhdistämään saapuvaan sikaerään. Tiedot tulee antaa vähintään 24 tuntia ennen sikojen saapumista teurastamoon. Jos tietojen toimittaminen myöhästyy yli 24 tuntia sikojen saapumisesta teurastamoon, ei niitä saa käyttää elintarvikkeeksi. Tällöin kyseiset siat joko hylätään elävänä, tai jos ne on jo teurastettu, niiden lihat ja sivutuotteet hylätään. Lainsäädäntö itsessään ei anna aikarajaa sille, kuinka paljon aikaisemmin ketjuinformaatiotiedot tulee toimittaa teurastamoon, mutta suositus on, että tiedot annetaan aikaisintaan 2 viikkoa ennen eläinten saapumista teurastamoon.
Sikojen saapuessa teurastamoon niille tehdään ante mortem -tarkastus eli elävänä tarkastus. Kaikki teuraaksi saapuvat eläimet tarkastetaan, ja lainsäädännön vaatimus on, että näistä vähintään 10% tarkastetaan liikkeessä. Liikkeessä tarkastus tapahtuu helpoiten kuorman purun yhteydessä, ja samalla tarkastuseläinlääkäri seuraa eläinkuljettajan toimintaa kuljetusasetuksen nojalla (EY N:o 1/2005). Ante mortem -tarkastuksessa havainnoidaan sikojen yleistä käyttäytymistä ja niiden yleiskuntoa: katsotaan pää, rinta, kyljet ja takapää sekä jalat, ja arvioidaan valppausastetta, liikkumiskykyä, asentoa, toimintaa ja hengitystä. Lisäksi katsotaan nahan ja mahdollisuuksien mukaan limakalvojen kunto, sekä mahdolliset eritteet. Ylipäätään etsitään sellaisia merkkejä, jotka viittaavat yleistyneeseen infektioon tai yleistilan muutokseen, jolloin sikaa ei hyväksytä teuraaksi. Tarkastuksessa otetaan myös huomioon eläimistä etukäteen ilmoitetut tiedot ja tehdään päätös voiko eläimen hyväksyä teuraaksi. Jos eläin hylätään ante mortem -tarkastuksessa, lihantarkastus päättyy ja eläin lopetetaan, ja sen ruho toimitetaan raatokeräykseen. Tautiepäilyn vuoksi ante mortem -hylätyille tehdään kuitenkin vielä raadonavaus ennen ruhon hävitystä.
Tämän jälkeen sika teurastetaan, ja siitä otetaan trikiininäyte teurastuksen yhteydessä. Post mortem -tarkastus tehdään myös jokaiselle eläimelle, ja sen tekee linjassa lihantarkastajat. Tarkastuspisteitä on 4 erilaista: kahdella ruhotarkastuspisteellä lihantarkastajat tarkastavat katsomalla ja tunnustelemalla ruhot. Poskien tarkastuspisteellä lihantarkastaja tarkastaa pään, ja viiltää poski-imusolmukkeet. Kahdella elinten tarkastuspisteellä lihantarkastajat tarkastavat maksa-munuaispaketin ja maksan imusolmukkeet, viiltävät ja tarkastavat sydänläpät ja sydämen, ja tunnustelevat keuhkot. Viimeisellä eli suolten tarkastuspisteellä lihantarkastaja tarkastaa suolipaketin ja tunnustelee suoliliepeen imusolmukkeet, ja tarkastaa samassa maljassa olevat vatsarasvat. Jos lihantarkastaja huomaa tarkastuksessaan sian elimissä tai ruhossa jotain poikkeavaa, joka vaatii tarkempaa tutkimista, hän ohjaa ruhon ja tarvittaessa elimet sivuun lähemmin tarkastukseen, jossa eläinlääkäri yhdessä sivuraiteella olevan lihantarkastajan kanssa tutkii ruhon tarkemmin. Lähemmin tarkastuksessa tehdään myös tarvittavat osapoistot, tarvittaessa otetaan näytteitä tutkimuksiin ja laitetaan ruho arestiin odottamaan niiden valmistumista, tai mahdollisesti hylätään koko ruho elimineen, jos havaitut muutokset niin vaativat. Edellä mainittujen näytteiden lisäksi lihantarkastajat ja tarkastuseläinlääkärit ottavat lakisääteisiä näytteitä satunnaistettuna liittyen vierasainevalvontaan ja Suomen tautitilanteen kartoitukseen. Nämä toimeksiannot tulevat vuosittain Ruokavirastolta.